تزوج من الفنانة الراحلة هالة فؤاد ورزقا بابن وحيد هو الممثل هيثم زكي الذي شارك والده أحد أدوراه بتجسيده لشخصية عبد الحليم في شبابه. انفصل الزوجان بسبب بعض الخلافات، إذ أراد أحمد زكي من زوجته اعتزال التمثيل والعمل كمذيعة، وبسبب حبها لعملها، رفضت ذلك وحصل الانفصال. وتزوجت هالة بعدها من الخبير السياحي عزت بركات واعتزلت بعد ولادتها لطفلها الأول. أما من حيث ديانة أحمد زكي ومعتقداته وطائفته الأصلية ، فقد ولد لعائلة مسلمة سنية
