يقع المتحف القبطي بجانب حصن بابليون الروماني الشهير الذي يعتبر من أشهر وأضخم الآثار الباقية للإمبراطورية الرومانية في مصر.، وهو أكبر متحف للأثار القبطية المصرية في العالم، وفيه ستشاهد أهم المقتنيات التي يعود تاريخها إلى الحقبة القبطية من التاريخ المصري والتي يبلغ عددها حوالي 16,000 قطعة أثرية من مناطق مصر المختلفة،ورتبت مقتنيات المتحف تبعا لنوعياتها إلى اقسام عرضت عرضا علميا فيه الترتيب الزمني قدر الإمكان
يعتبر الغرض من إنشاء المتحف جمع الآثار والوثائق التى تسهم فى إثراء دراسة الفن القبطي في مصر،تبلغ مساحة المتحف الكلية شاملة الحديقة والحصن حوالي 8000 م.
يتميز المتحف ببنائه الحجري ذي التصميم المعماري المُميّز الذي يُحاكي عصره، وواجهته الجميلة التي تشبه جامع الأقمر، وأمامها تمثال لمؤسس المتحف “مرقص سميكة باشا” يُزيّن مدخله، وقد قام بافتتاحه عام 1910.