تشمل التشخيصات التمايزية التي يجب أن ينظر في إجرائها على أمراض أخرى مسببة للطفح ، من قبيل الجدري والجدري المائي والحصبة والتهابات الجلد البكتيرية والجرب والزهري وأنواع الحساسيات الناجمة عن الأدوية. ويمكن أن يكون تضخم العقد اللمفاوية خلال مرحلة ظهور بوادر المرض سمة سريرية تميزه عن الجدري.ولا يمكن تشخيص جدري القردة بشكل نهائي إلاّ في المختبر حيث يمكن تشخيص عدوى الفيروس بواسطة عدد من الاختبارات المختلفة التالية:المقايسة المناعية الأنزيمية اختبار الكشف عن المستضدات مقايسة تفاعل البوليميراز المتسلسل عزل الفيروس بواسطة زرع الخلاي
