تتميز ساو تومي وبرينسيبي بمناخ استوائي رطب وجاف، مع موسم رطب نسبيًا، وآخر جاف قصيرًا، يحظى شهر ديسمبر بشهرة كبيرة لدي الزوّار، الجو دافئ ورطب على مدار السنة، العواصف الممطرة مُتكررة، باستثناء الفترة من شهر يونية حتى شهر سبتمبر، عندما يسقط قليل من الأمطار، يمتد موسم مراقبة الحيتان الرئيسي من يوليو إلى سبتمبر، ويتم الاحتفال على نطاق واسع بيوم الاستقلاق في البلاد وذلك يوم 25 يوليو من كل عام، وأعياد الميلاد في أواخر ديسمبر، حيث تتراوح درجات الحرارة خلال العام بين 22 و30 درجة مئوية، وينقسم المناخ خلال العام إلى موسمين مختلفين وهما كالتالي:
موسم المطر والذي يمتد من شهر أكتوبر إلى شهر مايو.
بينما يغطي الجفاف الأشهر الأربع حيث يأتي في شهر يونية ويستمر حتى شهر سبتمبر