لن تكتمل متعة السفر الى جونية دون المرور على مغارة جعيتا، وجمالها الفريد من نوعه، الواقعة على بعد حوالي 20 كم شمال بيروت، على ضفاف نهر الكلب. مغارة جعيتا عبارة عن كهفين، علوي، وسفلي، وتعج كلاً من المغارتين العلوية والسفلية، بالتشكيلات المكونة من صواعد ونوازل على أحجام ضخمة تكونت عبر ملايين السنين.
الماء هو المهندس الأساسي لتلك المغارة، وهو الذي قام بتشكيل ونحت صخور مغارة جعيتا؛ مكوناً تلك التشكيلات الخلابة. المغارة العلوية هي المغارة الجافة يبلغ طولها حوالي 2200 م، يسمح للسياح بالسير حتى طول 750 م، والطبقة السفلية هي التي تغمرها مياه مجرى نهر الكلب، ويتم الاستمتاع بتفاصيلها عن طريق ركوب الزوارق.