متحف التاريخ الطبيعي هو أحد المؤسسات التي توثق الحياة البرية في السودان ويعتبر من أهم متاحف التاريخ الطبيعي ويتبع اداريآ لكيلة العلوم جامعة الخرطوم.
يتميز المتحف بموقعه المميز في الخرطوم لوقوعه في وسط الخرطوم بشارع الجامعة.
نشأة المتحف لم تكن رسمية، بل كانت عبارة عن مساهمات من الموظفين، وأفراد الجيش الإنجليزي، من المهتمين بالتاريخ الطبيعي إبان احتلال بريطانيا للسودان.
جمعت العينات والنماذج من مختلف بقاع السودان في العام 1902 من قبل الهواة، بينما فتح المتحف ابوابه للجمهور في العام 1933