بالطبع مرت الحضارة الإسلامية على مدينة بعلبك وترك خلفها العديد من المعالم الرائعة، أبرزها الجامع الاموي الكبير الذي يعد أكبر المساجد الأثرية، والواقع مقابل قلعة بعلبك. يعود تاريخ الجامع الاموي الكبير إلى أكثر من 1300 سنة، حين قرر الأمويون بناءه داخل المدينة؛ لأن جامع القلعة لم يعد كافياً للمصلين.
الجامع الاموي الكبير في بعلبك يشبه في هندسته الجامع الاموي في دمشق، ويمتاز بنقوشه الرائعة، وأعمدته التاريخية، التي تم أخذها من المعابد الرومانية المجاورة للقلعة. تعرض الجامع على مدار تاريخه للهدم نتيجة الزلزال وعوامل أخرى، إلا أنه أعيد ترميمه مؤخراً، وأصبح مؤهلاً لأداء الصلوات به.
