يحتل معبد خنوم موقعًاً مثيرًاً للاهتمام لأنه يقع على ارتفاع حوالي تسعة أمتارٍ تحت مستوى الأرض في جزيرة الفنتين، وتشير السجلات إلى أنه تم تشييده فوق معبدٍ سابقٍ.
يعتقد المؤرخون أن المعبد قد شيد في عصر الملك تحتمس الثالث. ومع ذلك، من الصعب إثبات ذلك لأن المعبد الباقي إلى اليوم هو الذي يصور العديد من الحكام البطالمة آخر حكام العصر الفرعوني، وما يعرفه العلماء هو أن الهيكل المادي لمعبد خنوم يعود إلى العصر اليوناني الروماني في مصر.
معبد خنوم ذات قيمةً كبيرةً لأنه واحد من المعابد القديمة القليلة التي لا يزال السطح فيها سليماً، وفيها يمكن العثور على مراحل البناء المختلفة، حيث تنتشر أربعة صفوفٍ من الأعمدة الضخمة في القاعة الرئيسية وبعضها يحتفظ حتى بألوانه القديمة المرسومة حتى يومنا هذا، مما جعله من أماكن السياحة في أسوان المفضلة للسائحين.